Унаслідок російської агресії Україна втратила контроль над понад 270 тис. га морських акваторій природно-заповідного фонду в межах узбережжя Криму та Азовського басейну. В зоні активних воєнних впливів нині перебувають усі морські природоохоронні території підконтрольного узбережжя Чорнного моря загальною площею близько 460 тис. га. Також окуповано 27 територій Смарагдової мережі, ще 11 – у зоні бойових дій. Серед водно-болотних угідь міжнародного значення 10 окуповано і 7 залишаються під впливом воєнних дій.

 Україна залишається одним із лідерів серед чорноморських країн за площею морських природоохоронних територій. Найцінніші з них – у північно-західній частині Чорного моря: НПП «Джарилгацький», Кінбурнська коса, «Білобережжя Святослава», а також філофорне поле Зернова – найбільша морська природоохоронна територія країни.

За оцінками науковців, війна призвела до зміни режимів охорони, неконтрольованого використання ресурсів і забруднення акваторій. Найбільших втрат зазнав заказник «Острів Зміїний». У Дунайському біосферному заповіднику регулярно фіксуються нафтові забруднення та затоплення суден; лише одна пожежа після атаки БПЛА 2 січня, за оцінками екоінспекції, завдала збитків на 130 млрд грн.

Також у довоєнний період фіксувалося відновлення природних процесів і покращення екологічного статусу акваторії філофорного поля Зернова (північно-західна частина Чорного моря), яке є осередком високого біорізноманіття та багаторічного моніторингу інституту.

Однак, воєнні чинники (зокрема вторинне забруднення та зниження можливостей контролю) створюють ризики погіршення її стану й потребуватимуть окремого оцінювання після завершення бойових дій.

Водночас дослідники зафіксували й несподівані екологічні зміни: обмеження доступу до моря зменшило антропогенний тиск і сприяло відновленню популяцій осетрових – білуги, осетра та севрюги, яких знову реєструють навіть поблизу Запоріжжя та Хортиці.

Як наголошують науковці, після війни Україна потребуватиме оновлення Морської природоохоронної стратегії, нових програм відновлення екосистем і сучасної системи оцінювання екологічних збитків, частина якої не переглядалася з 1986 року.